La chiesa, che fu intitolata prima a San Zeno, poi a San Valentino e quindi a San Francesco, faceva parte, assieme a quella vicina dedicata a San Michele, delle chiese della Bastia quando, nel 1596, il Comune decise di donarla ai padri zoccolanti dell’Ordine di San Francesco. Questi costruirono, accanto alla chiesa, il convento, che fu ultimato nel 1624. I frati minori dovettero abbandonare la chiesa ed il convento per il decreto di sopressione di tutti gli ordini religiosi voluto da Napoleone Bonaparte nel 1805.
La ripertura della chiesa avvenne poi ad opera dell’ordine missionario dei Redentoristi che si insediarono nella casa reliogiosa anessa al Santaurio dove è custodita la miracolosa immagine della Madonna del Perpetuo Soccorso. Questo veneratissimo quadro è collocato in una cappella ricca di marmi e di ornamenti, a sinistra dell’altare maggiore.
La chiesa ricostruita nel 1731 e sottoposta a rifacimento moderno tra il 1962 e il 1965, e composta da tre navate e ricorda la chiesa redentorista di San Gioacchino di Roma per l’uso di marmi pregiati nelle colonne e nei due altari. L’altare maggiore è ancora quello seicentesco. A destra si trova l’altare della Madonna del Perpetuo Soccorso, che costituisce il centro devozionale del santuario. Alla sinistra, alla fine della navata meridionale, si apre l’altare di San Gerardo.
All’interno della chiesa si possono ammirare antiche tele. Tra queste il dipinto di San Francesco che riceve le stimmate datato 1779, opera di fra Felice Cignaroli, fratello del più celebrato Giambettino. Risale al 1717 la grande pala in alto oltre l’altar maggiore dedicata all’estasi di San Francesco, anch’essa settecentesca, attribuita a Santo Prunati.